El Comisionado Nacional de Derechos Humanos de Honduras, presionó en el año de 1996 para que se establezca la responsabilidad penal por las violaciones a estos derechos durante la década de 1980, pero los esfuerzos fueron infructuosos, pues los presuntos culpables se negaron a comparecer ante los tribunales y la policía fue incapaz de ejecutar las órdenes de arresto, además quedó manifiesta la incapacidad del sistema judicial para actuar de forma independiente cuando recibe la presión de fuerzas armadas. Se emitieron órdenes de arresto contra el mayor Manuel de Jesús Trejo Rosa y el coronel Raimundo Alexander Hernández Santos este último fue durante muchos años el director de operaciones del batallón 3-16, una unidad secreta de inteligencia del ejército, responsable de numerosas desapariciones en la década de 1980. También se negaron a comparecer ante los tribunales ocho miembros más del ejército, acusados en 1995 por su participación en el secuestro, tortura e intento de asesinato de seis activistas estudiantiles en 1982. Además de estas irregularidades, se cita el hecho de que el gobierno de Reina le diera asilo político a haitianos buscados por la justicia como responsables de múltiples violaciones a los derechos humanos, con ello se agreden los tratados internacionales que limitan el asilo político a individuos de esta categoría. El Informe de Derechos Humanos protestó también por el nombramiento de Alfonso Discua como representante alterno del gobierno ante las Naciones Unidas Discua ha sido relacionado con una serie de violaciones a los derechos humanos. Se concluye indicando que para investigar y procesar a los oficiales del Batallón 3-16, es importante tener acceso a un documento que tiene la Agencia Central de Inteligencia (CIA) de Estados Unidos, quienes los entrenaron, apoyaron y trabajaron de forma estrecha con este batallón. OB/LOB