​El libro Perfiles teológicos para un nuevo milenio, escrito por José Duque Zúñiga y publicado en 2004, ofrece una reflexión crítica y renovadora sobre la teología de la liberación en el contexto contemporáneo. Duque Zúñiga sostiene que toda teología progresiva debe adaptarse y reformularse según los cambios históricos y sociales, sin temor a su transformación. En este sentido, el autor propone una revisión de los supuestos epistemológicos que sustentan la teología de la liberación, adaptándola a los desafíos actuales.
El libro aborda temas como la exclusión social, los derechos humanos en la globalización, la libertad neoliberal frente a la libertad paulina, y la importancia de la Biblia en las manos del pueblo de Dios. Además, propone una visión del ser humano como una red de relaciones, superando la concepción individualista del sujeto. Duque Zúñiga también destaca la necesidad de visibilizar a los excluidos y excluidas, abogando por un mundo donde quepan todos y todas.